За връх на творчеството си Чапек счита романа "Война със саламандрите" (1936 г.) - политическа антифашистка сатира, превъзхождаща в много отношения романа "1984" на Джордж Оруел. Във "Война със саламандрите" авторът умело увлича читателя и ясно показва същността на хората; рисува всички последствията от човешките злини: катаклизми, природни бедствия, катастрофи, убийства, грабежи, изнасилвания, малтретиране. Романът е сатира за робството и наивната и глупава природа на съвременния човешки свят.
"Война със саламандрите" разказва за нов вид саламандри, които постепенно превземат човешкия свят. Чешкият капитан Ван Тох открива на непознат остров в океана същества, подобни на човека и ги пренася в Европа, с което настава революция в историята. Саламандрите са високо интелигентни същества, които могат да говорят, четат и смятат, но са третирани от хората като евтина работна ръка. Постепенно броят им нараства поголовно и навлизат дотолкова в живота на хората, че те не могат без тях. В обществото се появяват привърженици на идеята да се дадат права на саламандрите и се формира саламандрова мода и саламандров език. Човешките същества започват да ги използват като войници и така неизбежно възникват конфликти. Не след дълго саламандрите се обръщат срещу хората и започват да разрушават континентите. В последната глава на книгата авторът разказва за съдбата на човечеството и саламандрите. Той измисля изход на кризата: две враждуващи саламандрови нации се избиват помежду си. Във времето, когато е публикувана, книгата предизвиква истински фурор, защото се оказва точно предсказание на Втората световна война.